Voilà quelques mois après la grande bataille à Alcatraz, mais contrairement à ce que tout le monde ce n’était que le début.Contrairement à ce que l’on peut croire le Professeur Xavier n’est pas mort, juste avant de mourir il a envoyé son esprit dans le corps d’un homme sans conscience, qui prend peut à peut la forme et l’apparence du corps du Professeur. Celui-ci est de retour et il a reprit les rennes de l’Institut. Scott quant à lui, n’était pas mort, mais simplement inconscient et son esprit était caché par le Phénix, cependant Charles pus le sentir et il envoya le reste des X-men le retrouver.

Magnéto de son bord à retrouver ses pouvoirs, tout comme les autres qui ont subit les effets du remède « miracle » et il a reprit sa place au sein de la Confrérie, prêt à tout pour arriver à ses fins. Il est au courrant que son vieil ami est de retour, mais n’empêche qu’il ne lui fera pas de cadeau.

Jean Grey a été ramené à la vie par le Phénix, elle ne sait pas quoi faire, elle sans que l’entité est toujours en elle, bien que celui-ci soit calme en ce moment. Elle ne sait pas si elle doit retourner au près des X-men, elle a peur que ceux-ci la rejètent à cause de ce qui c’est passé.

Un nouveau groupe vient de faire son apparition, l’Hadès, mené par un certain Alexandre, ils capturent des mutants, mais personnes ne sait où est leur base.

Du côté des nighstalkers, les chasseurs de vampires, comptent une nouvelle membre une jeune mutante du nom de Sören. ils ont apprit que les vampires comptaient faire des tests sur les mutants question d'en faire des super vampires, ils prennent aussitôt contact avec les X-men, voyant quM'ils ne pouvaient pas le faire seuls. Ils passèrent une alliance, les deux clans allaient s'entraider et vivre à l'Institut.

Voilà quelques semaines que tout à commencé.